巧克力囊肿可以服用的药物，包括高效孕激素的药物、口服避孕药以及非甾体类抗炎镇痛药等。
1.高效孕激素类药物
如醋酸甲地孕酮分散片、地屈孕酮片、黄体酮胶囊等，这些药物中含有大量的孕激素，服用后能使体内的孕激素水平升高，出现假孕状态，抑制子宫内膜和异位子宫内膜生长，导致内膜萎缩以及将减少，有助于改善早期的巧克力囊肿。
2.口服避孕药
常用的药物包括屈螺酮炔雌醇片、炔雌醇环丙孕酮片、去氧孕烯炔雌醇片等，服用之后能够降低垂体促性腺激素的水平，在一定程度上减轻巧克力囊肿的病情，主要针对的是病灶小而且痛经严重的患者。
3.非甾体类抗炎镇痛药
如双氯芬酸钠缓释片、布洛芬缓释胶囊、对乙酰氨基酚片等，这些药物可以抑制体内的前列腺素合成和释放，有助于缓解轻中度疼痛，对改善巧克力囊肿引起的痛经症状有一定帮助。
